Hoa Nghiêm tông (ja. kegon-shū) Nhật Bản dựa trên giáo lý của Hoa Nghiêm tông Trung Quốc, được Thẩm Tường (zh. shěn-xiáng 審祥, ja. shinshō) truyền qua Nhật năm 740. Đại sư người Nhật đầu tiên của tông Hoa nghiêm là Lương Biện (zh. 良辨, ja. roben, 689-772). Thánh Vũ Thiên hoàng (ja. shōmu tenno, 724-748) là người muốn trị nước theo nguyên công án của tông Hoa nghiêm. Ông cho xây Đông Đại tự ở Nại Lương (nara), sau đổi tên là chùa Hoa nghiêm, trong đó có một tượng Phật Đại Nhật (sa. vairocana). Ngày nay chùa này vẫn là một trung tâm của Hoa nghiêm tông Nhật Bản. Hoa nghiêm tông đóng một vai trò quan trọng trong nền triết lý Phật giáo tại Nhật và kinh Hoa nghiêm được diễn giải để bảo vệ cho quan điểm thống nhất quốc gia.